うさぎの歯の病気には、細菌が感染したりして、歯に炎症がおきて腐ってしまう症状などはよく聞くようです。一般には歯の膿瘍（のうよう）などと呼ばれているようで、不正咬合などが原因で細菌感染を起こす場合があるようです。
にんじん様がお考えになっていることが原因となるのかはこちらではわかりかねてしまいますが、こういった疑問点などがある場合は、遠慮せずに獣医師にご相談されるべきだと思います。治療に関しては、それぞれ（飼い主・獣医師）に考え方があると思います。にんじん様のお考えや治療方法の疑問なども、担当の獣医師にきちんとご相談されることが重要となってくると思います。そしてにんじん様ご本人がご納得されるまで、しっかりと話し合うことが必要であると思います。わからないことを明らかにすることで、獣医師との信頼関係にも繋がるのではないでしょうか。大事な家族を診ていただくわけですからね。今回の件に関しても、ご納得いかない疑問点などは、獣医師に相談されることが大切であると思いますよ。