おしっこや糞をトイレ以外で見られるようになった時には、どういったタイミングで見せているのか、その場所に決まりがあるのかなど、うさちゃんの様子を観察いただくことで、その先の対応も見えてくるようになると思います。
今回の場合はトイレを使いながらも、あちこちで見られています。場所はある程度決まっているようですが、どういったタイミングでおしっこをしている様子でしょうか。リラックスして過ごしていることでもその場でおしっこや糞が出ることもあります。トイレをきちんと使う時はどういった時なのか、その時に関連することがないかということも探ってみていただくとよいと思います。
年齢的にも思春期に入っても不思議ではないですから、においつけの行動として見せている可能性もあると思います。またご主人とふたりだけのお留守番が初めてなどであったのであれば、うさちゃんにとっても大きな変化を体験したともいえると思います。掃除の仕方の違いもあるかもしれませんが、大好きな飼い主さんがいなかったことなども要因となる場合もあり、そのことにより自我を表現するようになったとも考えられることもあります。
トイレのしつけは、うさちゃんの場合ただ単に排泄するだけではなく、縄張りを示す意味もありますので、100％トイレだけを使ってもらうということは実は難しいことでもあります。糞などは興奮したり楽しかったりすることでもポロポロと出てしまうこともありますので、これまでしっかりトイレを使っていたことの方が実は貴重だったりするのです。年齢を重ねたことや環境の変化を体験したことでも行動に変化が起きることはありますから、うさちゃんの目線でもお考えいただきながらお互いが無理なく過ごせる環境を見つけていただくことが大事なのだと思います。
ハウスの上でおしっこしてしまう様子から、体が汚れやすくなっているのならば、いったんハウスを取り除いてみるという方法もあると思います。ただ、お気に入りの場所であるならば、それがなくなることでうさちゃんはストレスを感じてしまうと思います。お使いのケージでも異なることだと思いますが、ハウスではなくロフト（金属のメッシュタイプ）などが設置できるようであれば、おしっこしても床面へと落ちてくれますので、体の汚れは解消できるようになるかもしれません。
ぬいぐるみに対してみせる行動も、興奮状態が続くようならば取り除いてあげることも大事です。においつけの行動を助長している様子があったり、ぬいぐるみがなくても楽しく遊ぶ様子が見られるならば、ほかのおもちゃで遊ばせてみることもひとつの判断となると思います。
トイレの場所が増えることで掃除の手間も増えます。シーツだけではおしっこを吸収できないような時は、シーツの上にトイレ砂を少し置くことだけでもおしっこの吸収が違ってきますので、試してみていただきたいと思います。
くり返しになりますが、お互いが無理なく過ごせる環境の落としどころを見つけていただくことにもなると思いますので、今ある環境を改めて振り返りながらどう対応できるようなのかをじっくり考えていただくことになるようです。