うさぎさんにとってはケージが変わったことで環境が変わりましから、今まで使用していたトイレの使い方が変わってしまったのかもしれませんね。ケージの真ん中でしてしまうようですので、うさぎさんにとって新しいケージに対してのトイレの場所が、そこになってしまっていると考えられますね。ちゃんとトイレの場所を決めているのですから、怒るわけにもいかないようですし難しい問題です。真ん中でおしっこが出来ないような大胆な工夫をしてあげることなどが必要なのかもしれませんね。こまめに洗ったり、消臭したりすることはもちろんですが、トイレ自体を新しくすることでも、うさぎさんの気持ちも変わってくることも考えられるかもしれませんよ。
お部屋で遊ぶときに室内にはおしっこはしないとのことですので、やはりケージの中にきちんとした縄張りがあるようですから、トイレの場所をケージの真ん中ではなく、Conan様が設置するトイレに出来るように努力させてあげましょう。ハウスなどを入れてみたり、大きめの石などを置いて、おしっこの体勢が出来ないような工夫で試してみて下さい。またトイレもサイズや材質などを変えてみたりしても良いのかもしれませんね。
うさぎさんはとてもこだわりがありますので、うさぎさんの声を上手に聞き入れながら、諦めずにしつけてみて下さい。頑張って下さいね！