トイレの場所が一定してきたとのことですので、うさぎさんの中でも、ケージの中でのそれぞれの使い方の場所が決まってきているのかもしれませんね。トイレが定まってきた場合、その場所にトイレとなるものを設置してあげることで、トイレを認識してくれると思います。ただ、うさぎさんの中にはよりこだわりのある子もいるようで、こちらが思っているように行動してくれない場合などもあります。こういった場合は、またトイレの場所が変わってしまうこともあるかもしれませんね。
うさぎさんの個体ごとでの性格や習慣などでしつけかたやその時間がかわりますので、「こうすれば必ず結果がでます！」とは、なんともお返事しがたいところもあります。もしケージ内のスペースがとれるようであれば、くつろぎ用のトイレはそのままで、新たにトイレとなるものを入れてあげることもひとつの方法かもしれません。ほかのうさ飼いさんの中でもトイレを併用して設置していたり、それぞれのさぎさんの好みのトイレを手作りされていたりという声も聞きます。
どうぞはちこ様のうさぎさんの行動などをもとに、好みのトイレ（も含めた環境）を作ってあげてみてください。