今まで同じケージでメス同士を過ごさせていられたということは、相性が良かったといえるのでしょう。親子であっても相性があまり良くないという場合もありますから、できることであればそれぞれのケージを与えてあげることが、本来飼い主さんが与えるべき環境だと思います。繁殖のために一旦離したということですので、そのことでメスうさぎの縄張り意識が明確になったということも考えられます。もちろん妊娠したということで、そのことが顕著に現れたという解釈の仕方もあります。無事出産と子育てを終えた後、前のような関係性に戻れるかといわれると、言い切れない部分があります。お互いの環境が変わっている中で過ごしてきた後の話しでもありますから、難しいのかもしれませんね。元々の相性が良いというところで考えると、元に戻るということもあり得る話しなのかもしれませんが、ストレスを感じたり、喧嘩などで怪我をさせては可哀想ですので、それぞれの縄張りを与えてあげるほうがよいのではないかと感じます。