個体差のあることですが、お迎えしたばかりの時は新しい環境を探りながらどんな場所に迎えられたのかを観察している時期だと思います。ケージ内のハウスなどに隠れていることは、まだ新しい環境を探っていて自分が安心できる場所に身を隠している様子ともいえるのかもしれません。
性格が臆病な子の場合には、隠れ家の大きさや形を見直してみたり、へやんぽの際の環境に隠れ家を置いてみるなどして、飼い主さんの日々の過ごし方をうさちゃんにも観察してもらえる環境をつくることもよいと思います。どのように生活音があって、どう過ごしているのかをうさちゃんにも教えてあげましょう。お迎えされた環境を認識するまでの時間にも個体差がありますが、焦らずにこちらのうさちゃんのペースに合わせて接してみてください。
日中の時間帯は休息することも多いですので、比較的食事や排泄なども見られにくい時間帯ですが、おっしゃるように食べない時間が長くなることで体調不良を見せてしまうことも考えられますので、そうならずに済むようフードや牧草入れの設置場所やケージ内のレイアウトを今一度再確認していただくことも大切です。