女の子同士で相性もよく仲良しのようですが、皮膚糸状菌は皮膚に感染する真菌（カビ）のことです。うさちゃんの皮膚に真菌が存在しているケースは少なくなく、健康で免疫力が高い状態ですと問題なく過ごせている場合もあります。飼育環境が適切であることや衛生面の管理、栄養バランスのよい食事内容とストレスなどに問題があるなどして、免疫力が下がることで発症してしまいます。ちなみに皮膚糸状菌症は人と動物の共通感染症でもあります。
うさちゃんが発症している場合には、もう一方のうさちゃんにも感染する可能性がありますから、ケージを分けることに加えてへやんぽで遊ばせてあげるときにも、環境を分けてあげることが大事なことです。これまで一緒に過ごしていた環境が変わりますので、そのことがストレスと感じてしまう場合もあるかもしれませんが、もう一方のうさちゃんが発症せずに済む環境に整えてあげることが飼い主さんの役目といえるのではないでしょうか。問題ないと太鼓判をいただけるまでは、慎重に対応されることがよいと思います。
獣医師のもとへも出向かれるようですから、これまでの飼育環境なども報告されながら、今後の環境や接し方についてもアドバイスをいただけるようにご相談されるとよいと思います。