そうですね、以前はやっとながらも、トイレを上手に使っていたということでもあったようですね。そこへトイレを変えたことや、新しいうさぎさんをお迎えしたことなどの、こういった環境の変化により、トイレの使い方に変化がみられたということが考えられるでしょうね。
ひとつは、新しいトイレが以前のものよりもお気に入りとなっていない、もしくは逆に、大きくなったトイレはトイレではなく、くつろぐ場所に最適だと認識してしまったのかもしれませんよね。トイレが小さくなったとありますが、お尻がはみ出てしまうほど、うさぎさんが大きくなってしまったようなのでしょうか？見た目的に、小さいと感じていても、うさぎさんの排泄には問題なく使用できるようならば、以前のトイレをもう一度戻してみるということも、試す価値はあるかもしれませんね。
そして、実は次のことのほうが、大きな意味を持っている気が致します。新しいうさぎさんをお迎えしたことにより、どうしてもそちらのうさぎさんに目がいってしまってはいませんか？赤ちゃんうさぎでもありますから、かわいくて仕方ないと思います。また、小さいながらもトイレがちゃんとできていることなどでも、みのちゃん様の気持ちがムーちゃんに向いてしまっていたりしませんでしょうか？こういった飼い主さんの気持ちを、うさぎさんは敏感に感じ取りますので、やきもちをやいてわざと問題行動を起こすこともあるのですよ。頻度は少ないとはいえトイレでもおしっこや糞をしていることもあるようですから、トイレではないところでわざとして、飼い主さんの気を引こうとしていることも、充分に考えられます。
複数飼いの場合には、うさぎさん同士、そして飼い主さんとの関係性にもいろいろな状況が生まれてくるでしょう。基本は先住のうさぎさんを優先に扱ってあげることで、クリアできるようですが、これもケースバイケースということもあるようですので、うさぎさんの性格などもよく考慮して、より的確なしつけを試みていただきたいと思いますよ。