よくあるご相談内容ですね。今までのご質問者の方と同様にてる様のうさぎさんも、放し飼いされている行動範囲に対して縄張りを持ってしまったために、トイレの場所はケージの外と認識してしまったのでしょうね。確かに、粗相されることが少なくなったようでもありますので、飼い主さんの手を患わせることがなくなったかもしれませんが、ケージから放されるまで我慢している様子は、こちらとしても落ち着かないですよね。本当に我慢する子は、出されるまで我慢しているようですから、今のうちにトイレの使い方を変えてあげることがよいかもしれません。
まずは、自由に動ける行動範囲を、ある程度の広さに制限してあげることが必要でしょうね。ケージを含んだ行動範囲を狭めてあげることで、うさぎさんの縄張りが変わりますからトイレの使い方も変わってくるといえます。その際に、現在使っているトイレをケージの中に設置してあげると、尚、よいかもしれませんね。そして、定期的にトイレに連れて行ってあげることも繰り返されるとよいでしょう。そのことでうさぎさんもここがトイレなのだと理解してくれると思いますからね。
２カ所のトイレを覚えてもらうことも、不可能ではないかと思いますが、うさぎさんの習性上、縄張りの中にトイレの場所を決めるということからいえば、本来は１カ所に定めてあげたほうがよいように思いますよ。