うさぎの生殖活動が可能になる時期は品種にもよりますが、小型種のうさぎさんで生後４～５ヶ月ごろには性成熟を迎えます。しかしこれにも個体差が見られることもあるでしょう。ですから生後３ヶ月のうさぎさんはそれに該当しないとは簡単にはいいきれない場合もあると思います。いただいた内容だけでは、妊娠しているかどうかという判断は難しいと思います。この交尾（であったならば）から２週間後であれば、妊娠の有無がわかりますので、獣医師にご相談されるとよいでしょう。そして、今後は間違って一緒にさせないように、飼育環境の管理を徹底してあげることが必要だと思います。