うさぎは、モルモットに対して強い病原体を有する病気を媒介すると言われています。（書籍「ザ・ウサギ」参照）こういったことから、感染してしまうことなどデメリットが多いと捉えられますので、モルモットとの生活は避けていただいたほうがより安心だと考えられるのだと思いますね。ただし、実際にモルモットと生活しているうさぎさんなどのお話も聞きますので、飼育環境を万全にしていただくことなどで、実はクリアされるのかもしれませんね。
そして、いもこ様の場合は、モルモットが使用していたケージをうさぎさんに使用しているということですが、お話の中にあるように、きれいに掃除もして衛生的な状態で使用されているわけですから問題はないかと思いますよ。