トイレの場所だったり、環境自体も変えてしまうことは、うさぎさんにとってもどこをどう使ったらよいのか、頭を悩ませることなのかもしれませんね。そのことでトイレの場所が定まらないということがあるのかもしれません。
ケージの中にトイレを設置しない（ケージではトイレをしない）場合は、ケージの中にではなく、その周辺の行動範囲を含めた環境に縄張りをもっているといえますので、行動範囲の中にトイレの場所を決めるのだといえると思います。今の飼育環境の中では、こちらがトイレとしているところではしてくれないようですが、きちんと決まった場所にしているようですから、その場所がトイレだとうさぎさんは認識しているようですよね。こういった場合は、そのうさぎさんが決めたトイレの場所にトイレを移動してあげるとよいでしょう。もしトイレ自体に乗ってくれないなどがあるのでしたら、高さや材質が気に入らないこともあるようですので、うさぎさんが気に入ってくれるトイレを探してあげてくださいね。お手製を用意する飼い主さんも少なくないようです。
それから、サークルのない環境、制限がない環境は、どちらかというと問題行動が多く見られたりもします。広いことでストレスがかかるということはないのかもしれませんが、慎重なうさぎさんでしたら、広すぎることにちょっと落ち着かなかったりはするかもしれませんね。それよりも、環境が変わったことに対してはストレスとなることはあると思いますね。
そしてうさぎさんにはある程度の制限は必要だと思います。なんでも自分の好きなようにできるのではなく、飼い主さんが与えてくれる環境が必要だということなのかもしれませんね。そうすれば、飼い主さんにも興味を示してくれることと思いますよ。ひとりで遊べるようだと、それだけで楽しいですから、飼い主さんは二の次ということも考えられそうですからね！