そうですね、元々の原因がなんだったのか、わかりかねてしまうかもしれませんが、現在の状況ですとうさぎさんが騒ぐことで餌をもらえると学習してしまっているようですね。
やはり基本はいくら騒いでも無視することなのですが、そうは思っていてもなかなか難しいところもあるようですよね。
まいろん様も、夜の餌の時間を遅らせるなどして工夫をしているようですね。まいろん様のようにペレットの量には変化を持たせないことも大事ですが、そのほかに牧草をたっぷり与えていただくこともよいと思います。常に牧草を食べられる環境を与えてあげれば、ペレットがないからと騒ぐこともないと考えられますよね。
そして何よりも心を鬼にして、完全に無視することが一番重要ですね。こうしてうさぎさんに自分の思い通りにはならないということを教えるのも、しつけなのです。段ボールや布なのでケージを覆ってしまったりすることもひとつの手ですし、どうしてもうるさくて仕方がないのであれば、夜だけ部屋を別にすることや、最悪の場合耳栓なども考えてもよいのかもしれませんね。
うさぎさん優位の環境ではなく、飼い主さんが優位だということを教えてあげてくださいね。どうぞ頑張ってください。