２～３ヶ月前から見られる行動ということですので、この時期に何か環境の変化などがあったりしていませんでしょうか？ちょっとした変化であっても、敏感に感じ取るうさぎですので、なにかを伝えたいということなのかもしれません。トイレを替えたということもありますので、新しい物とよかれと思ったことが、実はミルクちゃんにとっては気に入らないということも考えられます。そして、トイレや餌入れを動かしたりする行動の場合は、それらをおもちゃなどとして捉えてしまっているという場合や、音を立てることで飼い主さんに構ってもらいたい、ペレットなどの食べ物を要求しているなどが考えられます。トイレも餌入れもしっかり固定できるように環境を整えることや、それらの変わりに振り回したり、囓ったりできるおもちゃ（うるさくない物）を与えること、牧草をお休み前にたっぷり与えるなどして、様子を見ていただくことがよいかもしれません。また、お休み前に、ケージに布などを掛けて朝まで休む時間だよ！と教えてあげることもよいでしょう。もちろん、ケージの隙間から引っ張ったりしていたずらできないように注意してくだいさね。うさぎさんが見せる行動には、ひとつひとつちゃんと意味があるといえます。そのうさぎさんの気持ちをなんとか理解していただいて、的確な対応をしていただけるのが理想ですね。ですがなかなか難しいことなのだとは思いますが、どうぞ頑張ってください。そして、女の子の場合は、去勢ではなく避妊手術となります。