いろいろと努力されているようですね！そうですね生後３ヶ月の男の子となると、やんちゃな時期にもなりますから、なかなか簡単にはいかない要因もあるかとも思いますが、やはり根気強く頑張っていただきたいと思います。
一度、トイレを外してみて、ケージをどう使っているのか観察してみてもよいかもしれませんね。今までくつろぐ場所としているところが、トイレではなく、その場所ということも考えられるかもしれませんし、一度トイレをなくすことで、環境が変わりますから、ケージの使い方も変わってくるかもしれません。
男の子の場合は、ケージの中であっても臭いつけなどの意味もあり、あちこちでおしっこをすることがあります。これは成長することで、より縄張り意識が高まったりすると、今までできていたトイレのしつけもできなくなったりもするのですよ。ですが縄張りを拡大させる要因を取り除いたり、大人になって行動が落ち着いてくることで、改善されることもあります。
トイレのしつけは本当にその子その子で違ってきます。飼育書通りにはなかなかいかないかとも思いますが、どうぞちっぷ様のうさぎさんに合った方法が必ずあるはずですので、諦めずに頑張ってみてくださいね。