うさぎさんの様子をきちんと理解してあげて、早めに獣医師に診ていただいたということは、とても的確な判断でしたね！
コクシジウムの場合は、なによりもケージやトイレなど、毎日掃除をして衛生的なよい環境を保っていただくことが重要です。そして、ストレスとなる要因をなるべく排除してあげることも大切ですね。そして定期的に通院のようですので、そのお薬や通院のストレスに負けないように、体力をつけることも大事だと思います。うさぎさんの食欲をしっかり確保してあげることが必要です。もし食欲がないようのであれば、ペレットの流動食などや、野菜をすり潰して、野菜ジュースなどで柔らかくしたものをシリンジなどで与える強制給餌ということもあるかもしれませんね。
そして、少しでも体調に変化があったときは、迷わずに獣医師にご連絡していただきたいと思います。ちょっと様子を見るということが、命取りになる場合がありますので注意していただきたいです。うさぎさんもきっと辛いのだと思いますので、優しく声を掛けてあげて、励ましてあげてくださいね。
また歯ぎしりなどは痛い場合のサインともとれます。頻繁に聞こえてくるようですと心配ですから、獣医師にご相談していただきたいと思います。あまりお力になれずに申し訳ございません。